Keďže vírus Tomato Brown Rugose Fruit Virus infikuje rastliny paradajok a papriky po celom svete, semenárske spoločnosti pracujú na vyšľachtení odolných paradajok.
Bohaté genetické a genomické zdroje boli dostupné šľachtiteľom paradajok ešte pred začatím projektov genómového sekvenovania paradajok. Veľké zbierky zárodočnej plazmy paradajok sú už dlho založené na viacerých miestach. Viac ako 75,000 XNUMX prírastkov paradajok je konzervovaných v génových bankách po celom svete. Jednou z najväčších je génová banka USDA v Ženeve, NY.
Sekvenovanie genómu paradajok sa začalo v roku 2005 ako nadnárodné úsilie medzi 14 krajinami a dokončilo sa v roku 2012. Toto úsilie sa výrazne urýchlilo použitím umelej inteligencie, strojového učenia a pokročilých algoritmov na analýzu veľkého množstva genetických a fenotypových údajov.
Paradajkový pan-genóm
Výskumníci z Boyce Thompson Institute v roku 2020 vytvorili vysokokvalitný referenčný genóm pre divoké paradajky, aby vytvorili úplnejší a užitočnejší pan-genóm paradajok. Objavili časti genómu, ktoré sú základom chuti, veľkosti a dozrievania ovocia, tolerancie stresu a odolnosti voči chorobám. Čiastočne vďaka špičkovým technológiám sekvenovania, ktoré dokážu čítať veľmi dlhé časti DNA, je referenčný genóm úplnejší a presnejší ako existujúca databáza.
Staršie technológie sekvenovania, ktoré čítajú kratšie kúsky DNA, identifikujú mutácie na úrovni jednej bázy. Nie sú však dobré pri hľadaní štrukturálnych variantov, ako sú inzercie, delécie, inverzie alebo duplikácie veľkých kusov DNA.
V roku 2019 medzinárodná skupina výskumníkov skonštruovala pan-genóm paradajok pomocou genómových sekvencií zo 725 fylogeneticky a geograficky reprezentatívnych odrôd. Táto databáza obsahuje 4,873 XNUMX génov, ktoré sa nenašli v pôvodnom referenčnom genóme. Analýzy súčasných/neprítomných variácií odhalili podstatnú stratu génov a intenzívny negatívny výber génov a promótorov počas domestikácie a zlepšenia paradajok.
Prečítajte si celý článok na www.seedworld.com.